Toute école libre catholique réunit les familles en une association type loi 1901 qui élit un Président, un trésorier, etc. C'est une structure de participation des parents à la vie du collège. Les objectifs de cette association sont de regrouper les parents pour favoriser les activités susceptibles d'apporter un soutien matériel et moral au collège, aux familles et aux maîtres; mais aussi de développer les liens avec toutes les associations semblables aux niveaux départemental (UDAPEL) ou national (UNAPEL). Concrètement au Prieuré, l'APEL participe tout particulièrement aux Conseils de classe, au Conseil d'établissement, au CA de l'Association sportive, à l'organisation de la Fête des Ecoles, à la porte-ouverte du collège, à l'élaboration de la Gazette. Elle aide financièrement le CDI-Bibliothèque et les sorties pédagogiques. Elle organise un voyage de détente d'une journée avec tous les élèves de 3ème et entretient des relations suivies et amicales avec tous les partenaires de la vie scolaire.